Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- serveurs:installation:web-srv:geonature-atlas-mise-a-jour [2022/03/25 20:36] – [À partir d'une branche] jpmilcent
+++ serveurs:installation:web-srv:geonature-atlas-mise-a-jour [2022/11/23 11:44] (Version actuelle) – [Surcouchage des fichiers Systemd de GeoNature Atlas (Atlas > v1.4.3)] jpmilcent
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     * Relancez l'installation automatique de l'application : '' cd ~/www/atlas/ ; ./install_app.sh ''
     * Consulter les logs de l'installation dans ''~/www/atlas/log/errors_atlas.log'' avec : ''tail -f ~/www/atlas/log/errors_atlas.log ''
-    * Réactiver le service de //Supervisor// : ''supervisorctl start atlas''
+    * Réactiver le service : ''sudo systemctl start geonature-atlas''
     * Désactiver le mode maintenance de l'Atlas : ''sudo nginx_dissite atlas_maintenance.conf ; sudo nginx_ensite atlas.conf ; sudo service nginx reload''
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     * Récupérer aussi les 7 derniers caractères du SHA1 du dernier commit de la branche à récupérer
     * Exporter la version de l'Atlas obtenu avec //cat// en la concaténant avec les 7 premiers caractères du commit séparé par "-" . Ex. : ''<nowiki> export GNAV="1.5.2-dev0-04dbbcb" </nowiki>''
-  * Vérifier les versions en question : '' echo "Branche: ${GNAB} ; TaxHub : ${GNAV}" ''
+  * Vérifier les versions en question : '' echo "Branche: ${GNAB} ; GeoNature-Atlas : ${GNAV}" ''
   * Se placer dans le dossier //dwl// de l'utilisateur //geonat// : ''cd ~/dwl/''
   * Télécharger l'archive : ''<nowiki> wget https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/archive/<branche>.zip -O "atlas_${GNAB}_v${GNAV}.zip" </nowiki>''
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     * //config.py// : '' vi ~/www/atlas_${GNAB}_v${GNAV}/atlas/configuration/config.py ''
     * //settings.ini// : '' vi ~/www/atlas_${GNAB}_v${GNAV}/atlas/configuration/settings.ini ''
-  * Copier le contenu du dossier "//static//" : '' cp -aR ~/www/atlas/static/custom/ ~/www/atlas_${GNAB}_v${GNAV}/static ''
+  * Copier :
+    * le contenu du dossier "//static//" : '' cp -aR ~/www/atlas/atlas/static/custom/ ~/www/atlas_${GNAB}_v${GNAV}/atlas/static ''
+    * le fichier //environ// : ''cp ~/www/atlas/environ ~/www/atlas_${GNAB}_v${GNAV}/environ''
   * Modifier les liens symboliques :
     * pour la nouvelle version : ''cd ~/www; rm -f atlas; ln -s atlas_${GNAB}_v${GNAV} atlas''
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       * ''cd ~/www; rm -f atlas_old; ln -s atlas_v${GNAV} atlas_old''
       * ou si l’ancienne version était déjà sur une branche de test : ''cd ~/www; rm -f atlas_old; ln -s atlas_${GNAB}_v<ancienne-version> atlas_old''
-  * La mise à jour de la base de données passe par la commande ''geonature'' depuis la version 2.9.0, voir cet étape dans la section consacré à GeoNature.
+  * Synchroniser l'ensemble de "www" de "web-srv" vers "db-srv" : ''rsync -av -e "ssh -p <port-ssh-db>" /home/geonat/www/ geonat@db-<region>-sinp:/home/geonat/www/''
   * Consulter les éventuelles notes de version spécifiques décrites au niveau de chaque version : https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/releases
      * Sur l'instance "//web-srv//" exécuter tous les scripts en lien avec l'interface.
+     * Sur l'instance "//db-srv//" exécuter tous les scripts en lien avec la base de données.
+  * Sur "//db-srv//" :
+    * Se connecter au serveur : ''ssh geonat@<sinp-db>''
+    * Exécuter les scripts de mise à jour de la base de données. Vous pouvez utiliser une commande du type : ''psql -h localhost -U geonatadmin -d gnatlas -f ~/www/atlas/data/<mon-fichier-de-mise-a-jour>.sql''
+      * **Note** : la requête doit être exécuter avec l'utilisateur //geonatadmin// et non //geonatatlas// car les vues matérialisées de la base //gnatlas// appartiennent à  //geonatadmin//.
+  * Sur "//web-srv//" :
+    * Relancez l'installation automatique de l'application : '' cd ~/www/atlas/ ; ./install_app.sh ''
+    * Réactiver le service de //Systemd// : ''sudo systemctl restart geonature-atlas''
+    * Désactiver le mode maintenance de l'Atlas : ''sudo nginx_dissite atlas_maintenance.conf ; sudo nginx_ensite atlas.conf ; sudo nginx-reload''
+===== Surcouchage des fichiers Systemd de GeoNature Atlas (Atlas > v1.4.3) =====
+Surcoucher le service Systemd de GeoNature Atlas :
+  * Afin d'éviter que les modifications effectuées dans le fichier ///lib/systemd/system/geonature-atlas.service// soient écrasées à chaque mise à jour de GeoNature Atlas, vous devez ajouter un fichier qui écrasera les valeurs par défaut.
+  * Pour créer automatiquement l'arborescence de dossier et le fichier nécessaire, utiliser la commande suivante : '' systemctl edit geonature-atlas ''
+  * La commande précédente ouvre l'éditeur par défaut du système, vous pouvez ajouter le contenu suivant et sortir de l'édition du fichier en sauvegardant : <code properties>
+[Unit]
+StartLimitIntervalSec=6min
+StartLimitBurst=5
+[Service]
+ExecStart=
+ExecStart=/home/geonat/www/atlas/venv/bin/gunicorn atlas.wsgi:app \
+                --statsd-host "localhost:8125" \
+                --statsd-prefix "atlas"  \
+                --name "${GUNICORN_PROC_NAME}" --workers "${GUNICORN_NUM_WORKERS}" \
+                --bind "${GUNICORN_HOST}:${GUNICORN_PORT}" --timeout="${GUNICORN_TIMEOUT}"
+Restart=on-failure
+RestartSec=1min
+</code>
+    * **Note** : la première ligne //ExecStart=// vide permet de réinitialiser la commande de lancement
+  * Les modifications devraient être présente dans le fichier suivant : '' vi /etc/systemd/system/geonature-atlas.service.d/override.conf ''
+  * Lancer la prise en compte des modifications qui vérifiera une éventuelle erreur : '' systemctl daemon-reload ''
+  * Relancer le service si nécessaire : '' systemctl restart geonature-atlas ''
 ===== Import des images de l'INPN =====
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 WHERE NOT s.cd_nom IN (SELECT DISTINCT cd_nom FROM taxonomie.bib_noms);
 </code>
-      * Utiliser //Psql// avec la requête suivante si ''bib_noms'' est vide (Temps d’exécution 20s pour 9,3 millions de lignes dans ''synthese''): '' psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -c "INSERT INTO taxonomie.bib_noms (cd_nom, cd_ref) SELECT DISTINCT s.cd_nom, t.cd_ref FROM gn_synthese.synthese AS s JOIN taxonomie.taxref AS t ON s.cd_nom = t.cd_nom ;" ''
+      * Utiliser //Psql// avec la requête suivante si ''bib_noms'' est vide (Temps d’exécution 20s pour 9,3 millions de lignes dans ''synthese''): '' psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -c "INSERT INTO taxonomie.bib_noms (cd_nom, cd_ref) SELECT DISTINCT s.cd_nom, t.cd_ref FROM gn_synthese.synthese AS s JOIN taxonomie.taxref AS t ON s.cd_nom = t.cd_nom WHERE NOT s.cd_nom IN (SELECT DISTINCT cd_nom FROM taxonomie.bib_noms);
+" ''
   * Lancer le script : '' python import_inpn_media.py ''
   * Vérifier la présence des médias dans la table ''taxonomie.t_medias''.
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 </code>
     * Soit : '' psql -h localhost -U geonatadmin -d geonature2db -c "WITH first_media AS (SELECT MIN(id_media) AS first_id_media_founded, cd_ref FROM taxonomie.t_medias GROUP BY cd_ref) UPDATE taxonomie.t_medias AS tm SET id_type = 1 FROM first_media AS fm WHERE tm.id_media = fm.first_id_media_founded AND  tm.cd_ref = fm.cd_ref ;" ''
+    * Pour réinitialiser toutes les images en tant que secondaire : <code sql>
+UPDATE taxonomie.t_medias AS tm
+    SET id_type = 2
+    WHERE id_type = 1 ;
+</code>
+    * Pour favoriser certaines sources en tant qu'image principale en mise à jour : <code sql>
+WITH exists_first_medias AS (
+	SELECT cd_ref
+	FROM taxonomie.t_medias AS stm
+	WHERE id_type = 1
+),
+priority_first_medias AS (
+	SELECT
+AS priority,
+		MIN(id_media) AS first_id_media_founded,
+		cd_ref
+	FROM taxonomie.t_medias
+	WHERE cd_ref NOT IN ( SELECT cd_ref FROM exists_first_medias )
+		AND "source" != 'INPN'
+		AND supprime != true
+	GROUP BY cd_ref
+	UNION
+	SELECT
+AS priority,
+		MIN(id_media) AS first_id_media_founded,
+		cd_ref
+	FROM taxonomie.t_medias
+	WHERE cd_ref NOT IN ( SELECT cd_ref FROM exists_first_medias )
+		AND "source" = 'INPN'
+		AND supprime != true
+	GROUP BY cd_ref
+),
+first_medias AS (
+	SELECT DISTINCT ON (pfm.cd_ref) pfm.cd_ref, pfm.priority, pfm.first_id_media_founded
+	FROM priority_first_medias AS pfm
+	ORDER BY pfm.cd_ref, pfm.priority
+)
+UPDATE taxonomie.t_medias AS tm
+    SET id_type = 1
+    FROM first_medias AS fm
+    WHERE tm.id_media = fm.first_id_media_founded
+        AND tm.cd_ref = fm.cd_ref ;
+</code>
   * Pour afficher les images sur l'Atlas, il est nécessaire de rafraichir les données des vues matérialisées //atlas.vm_medias// et //atlas.vm_taxons_plus_observes// : <code sql>
 REFRESH MATERIALIZED VIEW atlas.vm_medias WITH DATA ;